중소기업에 대한 특별세액감면은 기업 규모에 따라 달라지는데, 중소기업을 중기업과 소기업으로 한번 더 나눈다. 소기업 판단기준은 중소기업 기준과 다르다. 더 규모가 작고, 기준이 더 단순하기도 하다.
일단 중소기업은 업종요건, 매출액요건, 자산요건, 독립성기준요건 등 4가지 요건을 모두 충족한 사업자를 말한다. 반면 소기업은 업종별로 세분화된 매출액 기준만으로 판단한다. 일부 제조업은 120억원, 건설업은 80억원 등의 기준이 정해져 있다.
국세공무원교육원 김효경 교수는 최근 납세자 세법교실 ‘2020년 중소기업 조세지원제도(법인)_중소기업에 대한 특별세액감면’ 동영상 강의에서, “소기업 판정 시 매출액은 당해기업의 매출액만 갖고 판단한다”고 말했다. 중소기업의 경우 독립성 기준을 판단할 때 관계기업 매출액 등을 따지지만, 소기업인지 여부는 순수하게 당해기업 매출액만으로 판단한다는 것이다.
문제는 여러 가지 사업을 하는 기업의 경우, 어떤 매출액 기준을 적용하느냐다. 세법은 사업별로 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 보고, 주된 사업을 기준으로 소기업 여부를 판단한다.
예를 들어, 수도권 내에 위치하고 도매업 수입금액이 10억원, 신발제조 수입금액이 50억원인 기업은 주된 사업이 제조업에 수입금액 60억원인 사업장으로 판단된다. 제조업 소기업기준은 120억원이므로, 이 회사의 규모는 소기업으로 판단된다. 수도권 내에 위치한 소기업이면서 제조업이므로 중소기업 특별세액감면 적용대상이 된다.
두 번째 사례로, 수도권 내에 위치하고 도매업 수입금액이 50억원, 신발제조 수입금액 10억원인 기업을 보면, 주된 사업이 도매업에 수입금액 60억원인 사업장으로 판단된다. 도매업 소기업 기준인 50억원을 초과하기 때문에, 이 회사는 규모가 중기업으로 분류된다. 수도권 안에 있는 중기업이면서 업종이 도매업이면, 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 없다.
본점이 수도권이면 모두 수도권, 수도권 밖이면 사업장별 판단
소재지가 수도권 안에 있느냐 밖에 있느냐에 따라 감면대상 여부도 달라지고 적용받는 감면율도 변하기 때문에, 사업장이 여러 곳에 있는 기업들은 적용기준을 상세히 확인할 필요가 있다.
가장 중요한 기준은 본점 또는 주사무소의 위치다. 본점 소재지가 수도권 안이라면, 다른 사업장의 위치와 관계없이 모든 사업장이 수도권 내에 있는 것으로 보고 감면비율을 적용한다.
반대로 본사가 수도권 밖에 있는 경우라면, 제조사업장의 위치에 따라 각각 감면비율이 달라진다. 제조사업장 중 일부가 수도권 내에 있다면, 해당 사업장에 대해서만 수도권 내의 감면비율을 적용한다.
중소기업이 수도권 안과 밖을 오가며 사업장을 이전할 때도 특별세액감면은 영향을 받는다. 김효경 교수는 “사건을 기준으로 소득을 구분하는 것이 아니라” 해당 과세연도 모든 감면소득에 대해 일괄적으로 감면 여부나 감면비율을 변경해 적용한다고 말했다.
중소기업에 대한 특별세액감면은 중복지원 배제의 원칙 대상이다. 다른 세액공제나 세액감면과 중복해서 받을 수 없다는 의미다. 예를 들어, 중소기업 등에 대한 투자세액공제와 특별세액감면 두 가지를 동시에 적용받지는 못한다. 사업자가 둘 중 하나를 선택해야 한다. 마찬가지로, 창업중소기업 세액감면 등을 중복해서 받을 수 없다.
단, 고용증대기업 세액공제는 중소기업 특별세액감면과 중복지원이 가능하다.
특별한 요건에 해당할 경우 감면배제가 될 수도 있다. 기한 후 신고를 하면 세액감면이 배제된다. 또 부정과소신고금액에 대해서도 세액감면이 배제된다. 현금영수증 가맹점 의무가입자가 가입하지 않은 경우도 마찬가지다. 사업자의 잘못과 관련된 배제사유로 이해할 수 있다.